Eine Änderung des Stiftungszwecks ist im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben möglich. Die BSABB kann den Zweck der Stiftung auf Antrag des obersten Stiftungsorgans ändern, wenn deren ursprünglicher Zweck eine ganz andere Bedeutung oder Wirkung erhalten hat, so dass die Stiftung dem Willen des Stifters offenbar entfremdet worden ist (Art 86 Abs. 1 ZGB). Sieht die Stiftungsurkunde keine Änderungsklausel vor, dann ist grundsätzlich davon auszugehen, dass der Stifter/die Stifterin die Abänderbarkeit der Stiftungsurkunde ausschliessen wollte. In solchen Fällen muss nachgewiesen werden, dass die Stiftung ohne Urkundenänderung aufgehoben werden müsste (vertiefte Begründungspflicht).
Unter den gleichen Voraussetzungen können Auflagen oder Bedingungen, die den Stiftungszweck beeinträchtigen, aufgehoben oder abgeändert werden (Art. 86 Abs. 2 ZGB).
Die Zweckänderung wird nur dann genehmigt, wenn die Stiftung nachweist, dass andernfalls die Existenz der Stiftung gefährdet ist. Sie ist in jedem Fall detailliert zu begründen.
Eine Änderung der Organisation der Stiftung ist zulässig, wenn die Erhaltung des Vermögens oder die Wahrung des Stiftungszwecks die Änderung dringend erfordert (Art. 85 ZGB).
Das Stiftungsrecht kennt auch sogenannte rechtlich unwesentliche Änderungen der Stiftungsurkunde (Art. 86b ZGB). Bei diesen untergeordneten, teilweise rein redaktionellen Änderungen und bei Namensänderungen sind die Anforderungen weniger streng; jedoch sind auch diese Änderungsanträge zu begründen.
Weiter sieht das Stiftungsrecht (Art. 86a ZGB) die Möglichkeit einer Änderungsklausel für den Stifter/die Stifterin vor. Diese Klausel ist allerdings nur für Stiftungen, die nach dem 1. Januar 2006 errichtet worden sind, zulässig. Ist die Stifterin eine juristische Person, erlischt dieses Änderungsrecht nach 20 Jahren. Die Änderungsklausel gemäss Art. 86a ZGB muss in der Errichtungsurkunde genannt werden und kann nicht nachträglich eingefügt werden. Weiter ist das Recht des Stifters/der Stifterin nach diesem Artikel persönlich, nicht übertragbar und nicht vererblich.